کریم‌خان در ۱۱۹۳ هجری قمری (۱۷۹۹ میلادی) درگذشت. فرزندان او هفت تن، چهار پسر و سه دختر بودند. پس از مرگش زکی‌خان زند به فرمانروایی رسید. وی در موزه پارس یا عمارت فرنگی واقع در روبروی زندان کریم خانی (ارگ کریم خانی) ضلع جنوبی مجاور حیاط هنرستان صنعتی نمازی شیراز به خاک سپرده شده‌است. پس از چیرگی آغامحمدخان قاجار بر شیراز، به دلیل کینه اش قبر وکیل الرعایا را شکافته و استخوانهای او را به تهران برد و در کاخش در زیر پله های کاخ گلستان دفن کرد تا به وی بی احترامی کرده باشد و هر روز از روی جنازه ی وی بگذرد.در دوره ی رضا خان دستور نبش قبر کریم خان داده شد تا وی دوباره به شیراز بازگردانده شود.اما به علت بیماری فرزندش این ماجرا عقب افتاد تا به دست فراموشی سپرده شد.گفته می شود ممکن است وی را به نجف یا به حرم شاه عبدالعظیم برده باشند.ولی دیگر از استخوان های کریم خان زند اثری در دست نیست.