روز 13 مهرماه 1344، امام خمینی(س) و فرزندش آیت الله حاج آقا مصطفی، به تبعید گاه دوم خود یعنی عراق اعزام می‎شوند. این پدر و پسر پس از ورود به عراق و زیارت یک هفته‎ای مشاهد مشرفه در شهرهای کاظمین ، سامرا و کربلا به نجف اشرف رفتند و در آن شهر رحل اقامت گزیدند، اقامتی در تبعید 13 سال به طول انجامید و سال آخر آن را امام(ره) بدون فرزند شهیدش گذراند.

خبرنگاری از مقام معظم رهبری درخواست کرد که از وضعیت زندگی و خانه پدری ایشان گزارشی تهیه نماید،اما ایشان اجازه ندادند و خبرنگار علت را جویا شد، آقا فرمودند:عیبی ندارد گزارش بگیرید ولی یادتان باشد که گفتم کسی باور نمی کند.